另一边，尹德妃的父亲尹阿鼠，依仗女儿在后宫得宠，在京城骄横跋扈，目中无人。一日，秦王府的属官杜如晦经过尹阿鼠家门口，没有下马行礼，尹阿鼠的一众家童当即嚣张跋扈地冲上前，把杜如晦强行拉下马，肆意殴打，甚至打断了杜如晦的一根手指，还恶狠狠地叫嚣：“你是什么身份，竟敢经过我家大门不下马行礼！”尹阿鼠事后担心李世民向李渊告状，反倒恶人先告状，抢先让尹德妃在李渊面前上奏：“秦王身边的亲信，肆意欺凌侮辱我的家人，丝毫不把后宫宗亲放在眼里。”李渊听后，不问缘由，再次发怒，狠狠斥责李世民：“我妃嫔的家人，尚且被你的手下随意欺凌，更何况是普通的百姓呢！你连身边的人都管教不好，如何担当大任！”李世民反复向李渊辩解，陈述事情原委，可李渊早已被谗言蒙蔽心智，始终不肯相信他的话，父子之间的隔阂越来越深。
李世民每次在宫中陪同李渊参加宴饮，面对席间各位妃嫔的欢声笑语，总会思念早早逝去的母亲太穆皇后，惋惜母亲没能亲眼看到父亲平定天下、登基为帝，每每想到此处，便忍不住抽噎流泪，神色哀伤。李渊看到他这般模样，只觉得在宴席间大煞风景，心中十分不悦。
各位妃嫔趁机抓住机会，暗中联手，一同在李渊面前诋毁李世民，哭着说道：“如今天下幸好太平无事，陛下您年事已高，本该安心享乐，安享天伦之乐，可秦王却常常独自哭泣，这分明是心中憎恨我们这些人。等陛下百年之后，我们母子这些人，必定不会被秦王容纳，恐怕连一个活口都留不下来啊！”说着，一众妃嫔纷纷相拥哭泣，又顺势夸赞道：“皇太子仁爱孝顺，心地宽厚，倘若陛下把我们母子托付给太子，他必定能保全我们的性命，让我们得以安身立命。”李渊听着这番话，心中满是伤感，从此彻底打消了更换太子的想法，对李世民日渐疏远，而对李建成、李元吉则愈发亲近信任。
武德七年（624年），突厥大军大举入侵唐朝边境，李世民率军迎战，与突厥军队在豳州相遇。两军对峙之际，李世民胆识过人，仅带领一百名骑兵随从，孤身前往突厥军营，与突厥首领当面谈判，恩威并施，最终与突厥达成结盟，突厥大军随即撤兵，边境危机得以化解。
武德八年（625年），李世民凭借功绩与才干，官职晋升为中书令，手握中枢重权，朝堂影响力进一步提升。
而李建成、李元吉联合后宫妃嫔，依旧日夜不停在李渊面前诋毁、构陷李世民，谗言一遍遍灌输，李渊渐渐深信不疑，心中动怒，准备下诏治李世民的罪。朝中大臣陈叔达得知后，连忙冒死劝谏：“秦王为平定天下、稳固大唐江山，立下不世之功，从无过失，绝不能轻易罢免治罪。况且秦王性情刚烈，倘若无故加以压制、挫伤，恐怕他内心无法承受这份忧愤，或许会引发难以预料的重病，到时候陛下再后悔，可就来不及了！”李渊听后，思虑再三，这才暂时打消了治罪李世民的念头。
即便如此，李元吉依旧不死心，秘密觐见李渊，暗中请求杀掉李世民，李渊心存顾虑，说道：“他有平定天下的盖世功劳，想要治他的罪，却没有明确的罪状显现，用什么理由杀他呢？”李元吉咬牙切齿地说道：“秦王当初平定东都洛阳之后，故意观望局势，迟迟不愿返回长安，暗中散发钱财布帛，笼络人心，树立个人恩德，又公然违抗陛下的敕命，这不是意图谋反是什么！只管赶紧杀掉他，还担心找不到理由吗！”李渊心中纠结，最终还是没有回应，始终没有下定决心。
眼看储位之争愈演愈烈，秦王身边的危机越来越重，秦王府的所有下属官员，全都忧心忡忡，惶惶不可终日，却又无计可施。行台考功郎中房玄龄思虑再三，找到比部郎中长孙无忌，忧心忡忡地说道：“如今秦王与太子、齐王之间的嫌隙已经根深蒂固，矛盾一触即发，一旦祸患突然爆发，不仅仅是秦王府会被彻底摧毁，更会动摇国家根本，酿成亡国之忧；不如劝说秦王效仿当年周公诛杀管叔、蔡叔的做法，果断出手，除掉奸佞，安定国家。如今已是生死存亡的关键时刻，刻不容缓，必须当机立断，就在今日做出决断！”
长孙无忌闻言，点头应道：“我心中早就有这样的想法，只是一直不敢轻易说出口；如今你所说的话，正合我意，我立刻就入宫，向秦王禀报此事。”于是长孙无忌即刻入宫，向李世民详细陈述了其中利害。李世民随即召见房玄龄，一同商议对策，房玄龄恳切说道：“大王您功劳盖过天地，理应继承皇位，掌管天下；如今面临的忧患危难，实则是上天在辅佐大王，希望大王千万不要迟疑犹豫！”随后，房玄龄又联合秦王府属官杜如晦，一同劝说李世民，先发制人，诛杀李建成、李元吉，以绝后患。